Bažnyčios ir vienuolyno valdos planas, 1809 m.


1807 m. vienuolyno pastatą, stovėjusį išilgai Bokšto g., nupirko Vilniaus universitetas ir jame įkurdino Vilniaus dvasinę akademiją.
Vienuoliai tada įsikūrė trijuose mūrinukuose, stovėjusiuose vienoje linijoje, vienu galu į Savičiaus gatvę, o šonu į Šv. Kazimiero skersgatvį. Bažnyčia liko augustinams.
.

1812 metais, prasidėjus taip vadinaman prancūzmečiui, kada vadovaujama Prancūzijos imperatoriaus Didžioji armija veržėsi į Rusiją, imperatorius Napoleonas Bonapartas pasirinko Vilnių ne tik kaip politinį ar administracinį centrą, bet kaip savo armijos užnugario svarbiausią karinę bazę bei atramos tašką. Čia veikė dideli maisto, amunicijos ir ginklų sąndėliai. Ne išimtis buvo ir augustinų vienuolyno pastatai. 1812 m. Švč. Mergelės Marijos Ramintojos bažnyčios rūsiuose Prancūzijos Didžioji Armija įrengė vieną iš amunicijos sandėlių.
Napoleonui nesugebėjus sutriuškinti Rusijos kariuomenės, jo kariams teko trauktis tuo pačiu keliu. Vilnius matė Napoleono armiją – galingą užkariautoją ir vėliau – pralaimėjusią ir besitraukiančią. Aplinkiniai vienuolynai buvo paversti karo ligoninėmis, kuriose tilpo virš 6000 sužeistų ir pasiligojusių Napoleono armijos karių.