Pokariu bažnyčia ilgą laiką buvo avarinės būklės, ilgai buvo sprendžiama, ką daryti su per 1944 m. Vilniuje sovietų vykdytus aviacijos antskrydžius nukentėjusiu bažnyčios pastatu. Iki XX a. 7 deš. bažnyčioje šeimininkavo TSRS žemės ūkio ministerijos statybos montavimo trestas Glavselektro. naudotas kaip sandėlis, jo rekonstravimu ar priežiūra naudotojai nesirūpino. 7-ojo deš. pradžioje planuota pastatą atiduoti Lietuvos televizijos studijai – filmavimo paviljonui. 1953 m. parengtas bažnyčios skliauto ir stogo sutvarkymo projektas. Tačiau galiausiai pastatą nuspręsta pritaikyti sandėliavimui. Projektavimo užduotis parengta 1961 m. Daržovių bazės vadovybė užduotyje tvirtino, kad bažnyčios išorė laikytina paminklu, o vidus – ne.

Bažnyčios fasado vaizdas XXa. 8 deš.
Bažnyčios fasado vaizas XX a. 8 deš.

1962 m. bažnyčia perduota TSRS vartotojų kooperatyvų Centrinės Sąjungos „Centrosojuz“ valdybai, kuri čia įrengė Vilniaus tarprespublikinės prekybinės bazės sandėlį. 1967 m. čia buvo įrengtos sandėliui funkciškai reikalingos infrastruktūros dalys: dvi gelžbetoninės perdangos, masyvus krovininis liftas, pagalbinės patalpos, laiptinės ir kt. Paremontuotas stogas, pastatas perdažytas. Bažnyčia virto 3-jų aukštų sandėliu.